日常法律问答解答参考：
在农田保护区违建的处理是：对于违反土地利用总体规划，私自占用农用地建房，改变土地性质的，县级以上人民政府土地性质主管部门（国土资源局）有权对违规建房的所有人进行行政处罚，责令退还非法占用的土地，限期拆除或者没收在非法占用的土地上建的房屋，恢复土地原貌，可以并处罚款。
相关法律：
《中华人民共和国土地管理法》 第七十七条
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；
对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。