日常法律问答解答参考：
犯罪嫌疑人在检察院认罪认罚后仍会被起诉，只要是其犯罪情节严重，需要依法追究其刑事责任的，检察院会依法提起公诉，但是犯罪嫌疑人存在法定的不起诉事由除外。比如：犯罪嫌疑人犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。
相关法律：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十六条
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。