日常法律问答解答参考：
主合同补充协议冲突一般以补充协议为准。当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有不允许补充协议对主合同修改的限制条款，一般应以补充合同为准。但该补充协议无效的除外。
相关法律：
《中华人民共和国民法典》 第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；
不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《中华人民共和国民法典》 第五百三十三条
合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；
在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。
人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。