日常法律问答解答参考：
不签三方协议对毕业生没有什么影响。虽然学校和就业主管部门要通过上交的三方协议来安排报到证的报名地址和档案的去处，但就业单位不具备档案管理权限的，档案依旧是寄回生源地或者工作单位所在地的公共就业服务中心。
相关法律：
《中华人民共和国档案法》 第二十二条
非国有企业、社会服务机构等单位和个人形成的档案，对国家和社会具有重要保存价值或者应当保密的，档案所有者应当妥善保管。对保管条件不符合要求或者存在其他原因可能导致档案严重损毁和不安全的，省级以上档案主管部门可以给予帮助，或者经协商采取指定档案馆代为保管等确保档案完整和安全的措施；
必要时，可以依法收购或者征购。
前款所列档案，档案所有者可以向国家档案馆寄存或者转让。严禁出卖、赠送给外国人或者外国组织。
向国家捐献重要、珍贵档案的，国家档案馆应当按照国家有关规定给予奖励。