日常法律问答解答参考：
纳税人自行申报综合年度所得的扣除办法是先按照《个人所得税法》规定的税率，计算应纳税所得额，然后在取得所得的次年3月1日至6月30日内填报《个人所得税年度自行纳税申报表》及其他相关资料，最后办理汇算清缴或者随汇算清缴一并办理纳税申报。
相关法律：
《中华人民共和国个人所得税法》 第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；
有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；
需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。
《中华人民共和国个人所得税法》 第十二条
纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；
在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。