日常法律问答解答参考：
保护区违建是城乡规划主管部门负责的。违建不合乎法律规定，城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，不停止建设或者逾期不拆除的，政府可以责成有关部门查封施工现场、强制拆除。
相关法律：
《中华人民共和国城乡规划法》 第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；
无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
《中华人民共和国城乡规划法》 第六十八条
城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。