日常法律问答解答参考：
借款合同有瑕疵，如果该瑕疵导致借款合同无效的，则法院将判决该借款合同无效；如果是借款数额存在瑕疵，一般判决实际出借的金额为借款合同的借款数额；如果是借款合同中的条款存在歧义或漏洞，法院会根据合同所使用的词句、有关条款、目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定真实意思。总之法院判决以事实为依据，法律为准绳。
相关法律：
《中华人民共和国民法典》 第六百六十七条
借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
第六百六十八条
借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。
借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
第六百六十九条
订立借款合同，借款人应当按照贷款人的要求提供与借款有关的业务活动和财务状况的真实情况。